XP-Clean beinhaltet eine Vielzahl an Funktionen zur Bereinigung des Systems und zahlreiche Einstellungsmöglichkeiten. Das Programm ist übersichtlich in 9 Bereiche gegliedert: Internetspuren, Windowsspuren, Sicherheit, Netzwerk, Spyware, Windows XP, Dateien, Sonstiges und Option. Innerhalb der Bereiche stehen verschiedene Funktionen zur Auswahl. So können z.B. Cookies, Verlauf oder Temp Dateien gelöscht und die Registry nach fehlerhaften Einträgen geprüft und bereinigt werden.
Der Anwender hat die Möglichkeit, Autostart-Einträge zu prüfen und individuell anzupassen. Das Programm ist auch bei der Deaktivierung von Service Diensten und dem Starten und Beenden des Nachrichtendienstes behilflich. NetSend, Ping und Port Scan ist ebenfalls integriert. Spyware und Dialer können mit XP-Clean einfach aufgespürt und entfernt werden. Weitere nützliche Features sind: Index.dat Dateien komplett überschreiben, Chat für 2 User mit Datentransfer, Registrywarner, Ändern der Desktop Icons, IP-Adressenermittlung, Crypto-Text (Texte verschlüsseln), Tipps und Tricks uvm.