JonDo ist eine kostenlose, quelloffene und plattformunabhängige (Java-basierte) Clientsoftware zum Zugriff auf JonDonym-Dienste. Ihr primärer Nutzen ist die Anonymisierung von Webseitenbesuchen gegenüber dem Seitenbetreiber, dem eigenen Provider und dem Anonymisierungsdienst selbst.

Alle Anfragen des Webbrowsers müssen statt direkt ins Internet über das Programm JonDo laufen. JonDo verschlüsselt diese Anfrage und sendet die Daten an den ersten Mix einer Mixkaskade. Dieser leitet die Daten, vermischt mit den Daten anderer Teilnehmer, an den zweiten Mix, dieser an den dritten und von da wird die nun wieder entschlüsselte Anfrage über einen der Cache-Proxies ins Internet gesendet.

Jeder Mix führt kryptographische Operationen auf den Nachrichten aus, so dass die vom JAP / JonDo verschlüsselten Daten nur dann wieder lesbar werden, wenn sie die richtigen Mixe in der richtigen Reihenfolge durchlaufen haben. Dadurch wird sichergestellt, dass ein Lauscher entweder nur für ihn unlesbare Daten abhören kann, oder er den Sender nicht mehr zuordnen kann. Damit das funktioniert, braucht nur darauf vertraut werden, dass zumindest ein Mix in der Kaskade dem Lauscher nicht verrät, wie er die Nachrichten durcheinandergewürfelt hat. Je mehr Nutzer auf einer Kaskade surfen, und je unterschiedlicher die Mixbetreiber sind, desto schwerer wird es für einen Beobachter, einzelne Nutzer auseinanderzuhalten.

Ressistenz gegen Vorratsdatenspeicherung Aufgrund der Verteilung auf verschiedene, unabhängige Betreiberorganisationen und Länder ist der JonDonym-Dienst sicher vor einer Vorratsdatenspeicherung. Selbst wenn einzelne Betreiber speichern müssen, ergibt sich kein Gesamtbild, um die Anonymität von Nutzern aufheben zu können. JonDonym bietet dadurch maximal mögliche Sicherheit gegen Betreiber und Dritte.

Außerdem verfügt das System über eine sogenannte Forwarding-Funktionalität. Dadurch soll es Benutzern ermöglicht werden den Dienst auch dann zu erreichen, wenn er vom Provider blockiert wird. Dies ist oft in Ländern der Fall, in denen viel Zensur betrieben wird. Nicht-blockierte Nutzer des Dienstes (Forwarding-Server) können freiwillig andere JonDonauten (Forwarding-Clients) zu den Mixkaskaden weiterleiten.